Después de que una espantosa guerra causara estragos en la población general, los gobiernos del mundo recurrieron a una táctica más escurridiza para promover sus agendas: una guerra librada en las sombras. Lily, una hermosa chica de cabellos blancos, es una estudiante de una de las muchas instituciones que entrenan a los jóvenes para que se conviertan en espías capaces. Desgraciadamente, a pesar de sacar buenas notas en los exámenes escritos, sólo consigue aprobar a duras penas las prácticas. Sin ninguna habilidad en el mundo real, sus esperanzas de graduarse son escasas, hasta que se le ofrece la oportunidad de unirse al misterioso equipo “Tomoshibi” y participar en una misión intransitable. Entusiasmada por la perspectiva de trabajar con la élite, Lily acepta con entusiasmo. Sin embargo, se queda muda cuando llega al Palacio Kagerou y sale a la luz el verdadero propósito de Tomoshibi y su desesperada situación. Acompañada de otras espías problemáticas y de un misterioso joven que encabeza la operación, Lily se da cuenta de que ésta no es la escapada ideal que había imaginado.
